Ежегодно центр проводит научно-исследовательскую работу по мониторингу физического развития, физической подготовленности и психологических характеристик студентов 1, 2, 3, 4 курсов. Изучаются характеристики физического развития (соматометрические и физиометрические характеристики здоровья, функциональные характеристики дыхательной, сердечно-сосудистой систем) и характеристики физической подготовленности (оцениваются показатели физических тестов-контрольных нормативов).

Центром проводится анкетирование по изучению мотивации к здоровому образу жизни среди студентов основного отделения и курса спортивного совершенствования. Материалы обрабатываются и опубликовываются в научных статьях, учебных пособиях.

Преподаватели принимают самое активное участие в научно-исследовательской работе, участвуют в международных и межрегиональных научно-практических конференциях, выступают и печатаются в сборниках научных трудов.

Физкультурно-оздоровительный центр ежегодно проводит международную научно-методическую конференцию. В рамках программы конференции проходят повышение квалификации, мастер-классы, туристические программы. По итогам конференции выпускаются сборники материалов научных трудов.

В настоящее время сотрудники ФОЦ обучаются в аспирантуре:

• Павлов Андрей Николаевич проводит исследование по теме: «Проектное управление в деятельности региональных спортивных федераций на примере федерации спортивного ориентирования Иркутской области»;
• Бальжинимаев Эдуард Борисович изучает: «Карате – как способ реабилитации и абилитации студентов с ограниченными возможностями здоровья».

За последние 5 лет сотрудниками ФОЦ было опубликовано более 150 научных статей, индексируемых в РИНЦ, в журналах, рецензируемых ВАК, в международных базах цитируемости WOS, Scopus. С 2012 по 2019 годы сотрудники ФОЦ участвовали в 80 конференциях, из них: международные – 30, межрегиональные – 11, Всероссийские – 20, межведомственные – 9, вузовские – 10. Центром выпущено 15 учебных пособий (из них 2 – с грифом УМО Минобразования РФ, 2 научных монографии.

В настоящее время деятельность ФОЦ направлена и на развитие международного сотрудничества и включает следующие аспекты научно-исследовательской деятельности:

• Развитие международного сотрудничества в рамках программы вузов-партнеров Иркутского госуниверситета и университета ПЭ ДЖЭ республики Корея;
• Развитие международного сотрудничества в области  учебно-воспитательного процесса и научно-исследовательской работы с Карагандинским университетом «Болашак» республика Казахстан.
• Проведение совместного научного исследования: «Мониторинг физического развития, физической подготовленности, психологических характеристик у студентов 1,2,3,4 курсов» в рамках сотрудничества в области научно-исследовательской работы с Монгольским государственным университетом (Монголия, г. Улан-Батор).